Quando for emitida uma NF-e com finalidade igual à "Devolução de mercadoria" e não for informado documento referenciado que está sendo devolvido, será retornada a rejeição "321 - NF-e de devolução de mercadoria não possui documento fiscal referenciado".
Como Resolver
No momento de gerar a NFe de devolução, é necessário informar o documento que está sendo devolvido.
No Alterdata SHOP, é possível referenciar a nota, ao gerar o XML do documento de devolução.
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Para fazer isso, localize a nota no Movimento de Estoque e clique novamente em gerar NFe.
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Em seguida, na aba Dados Gerais, na tela de geração da NFe, clique na aba Notas Fiscais Referenciadas.
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Clique no botão + e será aberta a tela para selecionar a nota referenciada. Você poderá usar a opção de buscar no sistema ou informar manualmente a chave de acesso.
Caso o documento esteja na base de dados, clique em "Buscar na base de dados", caso não esteja, selecione "Informar Manualmente".
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Adicionado o documento referenciado na NF-e, clique em Gerar.
Manual de Orientação ao Contribuinte - http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=9hd38oni4Nc=